Reumatoidalne zapalenie stawów należy do najbardziej złożonych pod względem patogenetycznym chorób autoimmunologicznych. Czynniki (czynnik DR-β;1) genetyczne i środowiskowe stanowią o wrażliwości na chorobę. Nieznany mechanizm indukujący powoduje aktywację układu immunologicznego. Zakres zmian w różnych populacjach komórek i produkcja prozapalnych mediatorów chemicznych stwarza stan pewnego ,,chaosu biologicznego”. Kluczowe znaczenie ma derepresja genów w komórkach i przepływ sygnałów wewnątrz- i międzykomórkowych. Chorobę charakteryzuje bardzo indywidualny przebieg i nieprzewidywalna odpowiedź na różne metody leczenia. Stosowane leki działają plejotropowo (metrotreksat – hamując proliferację aktywowanych komórek) bądź selektywnie na poszczególne elementy łańcucha patogenetycznego (antycytokiny).