Badanie histopatologiczne błony maziowej ma niewielkie znaczenie w diagnostyce układowych chorób tkanki łącznej z uwagi na brak swoistych cech mikroskopowych dla poszczególnych jednostek chorobowych oraz stosowane w praktyce klinicznej kryteria kliniczne, badania radiologiczne i testy serologiczne. Cechy histopatologiczne podobne do tych, które występują w reumatoidalnym zapaleniu stawów (RZS), z tym że o mniejszym nasileniu, są stwierdzane w błonie maziowej również w przebiegu spondyloartropatii, w toczniu rumieniowatym układowym oraz twardzinie układowej. Ocena histopatologiczna błony maziowej ma większe znaczenie w diagnostyce różnicowej zapaleń stawów o innej etiologii, np. gruźliczej i nowotworowej. Należy jednak podkreślić, że histopatologiczne i immunohistochemiczne badania naukowe dotyczące błony maziowej przyczyniły się do lepszego zrozumienia komórkowych i molekularnych mechanizmów patogenetycznych w RZS oraz innych chorobach reumatycznych. Obecnie rozważa się możliwość zastosowania małej biopsji artroskopowej w ocenie skuteczności terapii celowanych w chorobach reumatycznych.