W większości chorób z autoimmunizacją obserwuje się charakterystyczną dla tych chorób odpowiedź komórkową i humoralną w postaci obecności autoprzeciwciał i autoreaktywnych limfocytów, skierowaną przeciwko antygenom własnoustrojowym. Fenomen ten występuje w układowych chorobach tkanki łącznej; takich jak SLE, zespół Sjögrena, MCTD, sklerodermia, zapalenie wielomięśniowe czy RZS. Obecność autoprzeciwciał jest uważana za istotny fakt, który powinien być brany pod uwagę przy ustalaniu diagnozy i dlatego niektóre z autoprzeciwciał zostały zakwalifikowane do kryteriów diagnostycznych chorób z autoimmunizacją. Są one także użytecznymi markerami prognostycznymi i w niektórych przypadkach ukierunkowują postępowanie terapeutyczne. Według autora najczulszym i najbardziej wiarygodnym testem jest metoda pośredniej IF oraz metoda Colorzyme (z zastosowaniem komórek Hep-2), szczególnie jako testy skryningowe. W późnych latach 60. opracowano nowe testy immunoenzymatyczne – ELISA, Western-blotting, stosowane obecnie powszechnie do identyfikacji swoistości autoprzeciwciał. W prawidłowo prowadzonej strategii oznaczania przeciwciał ANA stosowana jest kaskadowa (4-etapowa) metoda oznaczania autoprzeciwciał. W pierwszym etapie stosuje się testy skryningowe (IIF-ANA-screen czy ANA-ELISA-screen). Następnie (jeśli ANA są dodatnie) ustalamy swoistość przeciwciał ANA (2. etap), a potem (3. etap) swoistości dla podtypów antygenu ANA (ang. fine specificities). Etap 4. wykonujemy tylko wtedy, gdy nie możemy wyżej opisanymi metodami opisać żadnej z typowych swoistości autoprzeciwciał i zwykle dokonuje się tego kombinowanymi metodami biochemiczno-immunochemicznymi. Przestrzeganie wyżej opisanych procedur zapewnia w większości przypadków badanych surowic możliwość ustalenia swoistości ANA i powtarzalności wyników, unika się też błędów diagnostycznych i co nie mniej ważne – uzyskuje rozsądne koszty prowadzonej diagnostyki. Coraz większa liczba nowo odkrytych autoprzeciwciał i metod diagnostycznych zmusza do wprowadzenia procedur standaryzacji zarówno metod, jak i testów, na których są oznaczane autoprzeciwciała.